1、专业设计环节的缺失
设计是洁净室施工和运行的基础和前提，是极为重要的一部分工作，应由有洁净室设计资质公司的专业设计人员承担。
许多企业对设计和施工的关系不理解，往往重施工轻设计，同时出于降低费用考虑干脆就省略设计环节，由施工单位一并代劳。
而施工人员大多不具备专业设计水平，加上对医疗器械行业要求不了解，出现上述诸多问题就不足为奇了。
2、利益因素的影响
目前从事洁净工程施工的单位很多，为了中标大家互相压价，加上甲方（厂家）对净化也不是特别了解，只能大概提出一些要求，然后就考虑价格问题了。
于是，低价中标的施工单位为降低成本，减小净化面积，尽量压缩辅助用房，个别企业甚至简化到就一个送洁净风的操作间。
另一方面，施工方为加大保险系数成倍提高风机风量，通过提高换气次数提高洁净度级别，往往提高几倍甚至一个数量级，大大增加了日后的运行维护费用。
3、解决途径
选择资质的设计和施工单位。
良好的设计和施工既可以达到生产相应产品的环境要求，同时可以节约能源降低运行成本，从长远来看企业是获益的。
洁净室设计应做到顺应工艺流程、合理选择各类设备和装置、尽力实现人流和物流的顺畅短捷、气流流型选择得当、净化空调系统配置合理、各种特殊要求的技术措施得当，洁净厂房的平面、空间布置合理，从而实现可靠经济运行的洁净厂房设施。
目前，具有洁净室设计资质的公司较多，企业可以比较选择，确定以后应将产品工艺要求明示对方，同时签订合同。
设计一般可参照《洁净厂房设计规范》（gb50073-2001）和《无菌医疗器具生产管理规范》（yy0033-2000）。
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