相关工艺复杂，技术风险大
在洁净室受控空间中，偶尔有一个大分子的出现，或者是一个细菌的产生都会对成品率和人民的生命健康造成巨大的影响。
例如，一个细菌如果得不到及时的处理，则可能在几个小时之内就会形成一个大的菌落；而大粒子的出现则有可能造成一批次产品的报废，严重的情况下甚至导致洁净室的报废。
而在气流组织中，如果人员或半成品的流动造成了对洁净室气流的特殊扰动，就会打破洁净室内部气流平衡，引发各洁净区域之间气流的串扰，造成难以估量的损失。
设计和施工复杂，建造费用高
高级别洁净室的建造费用很高，一般来说，优于 100 级（fs 209）单向流的洁净室，其室内装修（墙、顶、地、门、窗等）和空调净化系统（包括制冷空调设备和管道配件、净化设备和配件等）的初投资大约为人民币 10000 元 /m2。
如果加上纯水制备设备和系统管道，纯气发生和系统管道，废水治理设备和管道，消防系统，供配电和自控系统，真空清扫系统，等等，其单位面积的建造投资费用高达 25000~30000 元 /m2。
如此高的建造费用，也未必保证洁净室的百分百合格，在庞大的洁净室系统和洁净环境的设计和施工过程中，潜在的问题多，未能受控的污染源，譬如少量的微粒、轻微的气流扰动、微小的震动都会导致整个洁净室的环境失控。
洁净室需经过空态、静态和动态的验收，任何一个环节都可能存在风险，同时，在工厂正式运作后，洁净室出现问题的可能也很大。
因此，洁净室工程行业企业面临巨大的技术风险，以及后续洁净室运行、维护和调试、检测的压力。
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