2、无菌室的建材使用控制
用于无菌室建设的所有材料均应符合消防和环保要求，具有耐腐蚀和易清洁的特点。无菌室的内部装修应整齐、光滑、避免凹凸、所有角落最好设置为球弧体状以避免灰尘长期堆积难以清扫和消毒。
无菌室的各个通道进出口应采用门缝紧密且打开后能自动闭合的推拉式门，墙壁及吊顶应采用隔热防火、耐化学腐蚀、耐水分渗透、隔音且易清洁的新型建材以防止尘垢堆积、材料脱落、滋生霉菌、不易清洁等情况的发生。
总体上，无菌室应尽量设计成完全封闭的模式，一般仅靠高效过滤系统与外界进行空气交换。
当前空气洁净技术已经发展得比较成熟，在很多学科领域都得到了广泛的应用，目前很多食品微生物检测用的无菌室也都已采用比较先进和方便易用的的层流净化系统装置，基本上都能保证食品微生物学检验过程中无菌状态、恒温恒湿、稳定风速风量和空气洁净度的要求。
在硬件方面，当前的一些食品微生物检验无菌室确实存在一些问题，例如整体设计不够完善、建材的选择和使用不合理、污染率过高、内部空气洁净度偏低、检测环境不良等问题。
此外，有些无菌室的建设方面为了控制质量成本，采用陈旧的通风过滤设备，空气置换情况不佳，当检验人员在无菌室内操作时，往往因工作量大、时间长使得检验环境较为恶劣。
由于空气洁净度不高，一旦滋生霉菌往往不易清除并对检验结果的准确性造成不良影响。
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